El barranquillero jugó como defensa central, con paso en el Junior de su ciudad natal, el Independiente Medellín y el Cúcuta Deportivo.
Con la Selección Colombia jugó en los Juegos Panamericanos de 1971 y en la Copa América 1975, donde marcó un autogol en el primero de los partidos de la final contra Perú, el cual marcó su vida.
Zárate sufrió la amputación de su pierna izquierda en el año 2010 por la diabetes que padeció.
Las exequias de José 'Boricua' Zárate serán en el cementerio Jardines de la Eternidad en Barranquilla.
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